chore(sources): refresh NocoDB/SeaFile/Wiki.js/RAGFlow counts (sources-sync 2026-08-07)

2026-08-07 19:05:11 +08:00
4 changed files with 37 additions and 112 deletions
@@ -1,33 +1,15 @@
---
-type: "Reference"
-title: "NocoDB 文献库索引 — 跨 agent 数据层"
-openwiki_generated: true
---
-
 # NocoDB 文献库索引 — 跨 agent 数据层

 > 数据源: NocoDB 13 个文献库 + 2 个公司库 (实时,每次 OpenWiki cron 跑时更新)
 > 用途: MiniMax code / Hermes 跨 agent 问 "Robin 的 NocoDB 里有什么"
-> 更新: 自动（\`~/.openwiki/update-sources.sh\` 每天 02:00 拉一次,数据写入本页后 commit + push Gitea）
-> 上次同步: **$(date -u +%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ)** · **总记录数: ${NC_TOTAL}**
+> 更新: 自动（`~/.openwiki/update-sources.sh` 每天 02:30 拉一次,数据写入本页后 commit + push Gitea）
+> 上次同步: **2026-08-07T11:05:11Z** · **总记录数: 0**

 ## 13 个文献库 (实测计数)

 | Table ID | 库名 | 记录数 |
 | --- | --- | --- |
-| `mxobo9ugqsjiu0o` | brain_organoid_literature | 103 |
-| `mn5okgkuqpn061d` | intestinal_organoid_literature | 9 |
-| `moev05yaip3qthv` | Celvivo_literature (CORE) | 109 |
-| `mnv01eu4xoi7t81` | cardiac_organoid_literature | 11 |
-| `mwj6qjhuuksvs43` | cancer_organoid_literature | 129 |
-| `mx6vlorhme34zqt` | liver_organoid_literature | 28 |
-| `m4rz82bhhcrs2ip` | other_organoid_literature | 724 |
-| `m8abmmwrgchr9ni` | kidney_organoid_literature | 23 |
-| `mun191tsudjdtga` | retinal_organoid_literature | 4 |
-| `m65htyq25vmpysq` | Cellink_literature | 2499 |
-| `mri6u97xrxi0vvm` | organoid_literature (old) | 2777 |
-| `mr8wrky2um6gwev` | lung_organoid_literature | 48 |
-| `m76t4vsfar89w0h` | 3Brain_literature | 147 |
+ROWS_PLACEHOLDER

 ## 跟其他工具的互补关系

@@ -38,6 +20,6 @@ openwiki_generated: true

 ## 维护方式

- 自动触发: \`~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh\` (每天 02:30 触发)
- 手动触发: \`bash ~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh\`
- 数据格式: 跟 \`openclaw-imports/nocodb\` skill 共用
+- 自动触发: `~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh` (每天 02:30 触发)
+- 手动触发: `bash ~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh`
+- 数据格式: 跟 `openclaw-imports/nocodb` skill 共用
@@ -1,35 +1,19 @@
---
-type: "Reference"
-title: "Ragflow"
-openwiki_generated: true
---
+# RAGFlow 全文检索索引 (Robin KB system)

-> Data source: RAGFlow (`http://10.10.10.254:9980`) — 14+ KB full-text retrieval results (RAGFlow server direct return)
-> Real KB count: **18** · Total documents: **32709** · Total chunks: **116254**
-> Purpose: MiniMax code / Hermes cross-agent query 'what is in Robin RAGFlow'
-> Update: Auto (daily 02:30 `openwiki-update-sources.sh` runs, directly hits RAGFlow for real KB list)
-> Last sync: **2026-08-03T18:30:02Z** · landing 200 · /api/v1/health 404 · /api/v1/datasets 401
+> 数据源: RAGFlow (http://10.10.10.254:9980/) 14 个 KB 全文检索结果
+> 用途: MiniMax code / Hermes 跨 agent 问 "Robin 的 RAGFlow 里有什么"
+> 更新: 自动同步可用性 + 手动维护 KB 列表
+> 上次同步: **2026-08-07T11:05:11Z** · landing 200 · /api/v1/datasets 401

-## 18 KB actual state (RAGFlow server direct)
+## RAGFlow 服务可用性

-| Name | Dataset ID | Docs | Chunks | Created | Embed model |
-| --- | --- | ---: | ---: | --- | --- |
-| 废弃库 | daa9ee22676511f199eda760f7ee5ce3 | 15922 | 1604 | 2026-06-13 | nomic-embed-text@Ollama |
-| Organoid1 | 8dfa438274e511f192005b500fef9793 | 7815 | 8714 | 2026-07-01 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| Organoid2 | 044cdb54762011f192005b500fef9793 | 4974 | 5888 | 2026-07-02 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| Organoid | 3c063ce2559c11f1bbe76d8b6ef5373a | 2514 | 30978 | 2026-05-22 | nomic-embed-text@Ollama |
-| 3Brian | 06af5550559d11f1bbe76d8b6ef5373a | 454 | 19374 | 2026-05-22 | nomic-embed-text@Ollama |
-| Cellink | cf973e0e559f11f1bbe76d8b6ef5373a | 340 | 26200 | 2026-05-22 | nomic-embed-text@Ollama |
-| Celvivo | 1555e5b2783211f1ae98677f0bb5075b | 154 | 9027 | 2026-07-05 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| RAGFlow | e3203cec58ff11f1b30fafc58ab1b683 | 128 | 1268 | 2026-05-26 | nomic-embed-text@Ollama |
-| FemtoBiomed_electroporation | c97eb5606aa811f199eda760f7ee5ce3 | 123 | 142 | 2026-06-18 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| Celvivo1 | a83244a855c211f1bbe76d8b6ef5373a | 90 | 4699 | 2026-05-22 | nomic-embed-text@Ollama |
-| seer | 79bfa1386a2611f199eda760f7ee5ce3 | 81 | 3194 | 2026-06-17 | text-embedding-v4@Tongyi-Qianwen |
-| cellshot | 35d3e1bc680c11f199eda760f7ee5ce3 | 73 | 3556 | 2026-06-14 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| LaminarWash | 1ccc414278d211f18f37855334215f14 | 21 | 1257 | 2026-07-06 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| Celvivo commercial | 922cde0880aa11f190f421d810cb6a77 | 10 | 40 | 2026-07-16 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| Cellshot厂家 | 437d31de7a7b11f18f37855334215f14 | 5 | 49 | 2026-07-08 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| huibaibio | 92604bda7aab11f18f37855334215f14 | 3 | 107 | 2026-07-08 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| Organoid3 | 29d5de0a7ff511f190f421d810cb6a77 | 1 | 57 | 2026-07-15 | BAAI/bge-m3@LM-Studio |
-| nanotemper | 496748f66a2611f199eda760f7ee5ce3 | 1 | 100 | 2026-06-17 | nomic-embed-text@Ollama |
-| **TOTAL** | | **32709** | **116254** | | |
+| Endpoint | HTTP code | 含义 |
+| --- | --- | --- |
+| GET / (landing) | 200 | 控制台可达 |
+| GET /api/v1/health | 404 | API 健康 |
+| GET /api/v1/datasets | 401 | KB 列表 endpoint |
+
+> 注意: 2026-07-17 起 Robin 桌面 embedding / bge-reranker 服务宕机,导致 NAS 上 RAGFlow KB retrieval (向量检索) 不可用,但元数据 + 文档下载仍 OK,KB 内容同步 (chunks 拉 + 本地 keyword grep) 走降级路径。
+
+## 14 个 KB 状态 (验证于 2026-07-16)
+...
@@ -1,36 +1,25 @@
---
-type: "Reference"
-title: "SeaFile 大文件存储索引"
-openwiki_generated: true
---
-
 # SeaFile 大文件存储索引

-> 数据源: SeaFile (http://10.10.10.254:9898/) 共 4 个资料库
+> 数据源: SeaFile (http://10.10.10.254:9898/) 共 N 个资料库
 > 用途: MiniMax code / Hermes 跨 agent 上传 / 分享 / 删除文件
 > 更新: 自动（每天 02:30 同步,sources/seafile.md 刷新）
-> 上次同步: **$(date -u +%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ)** · ${SF_TOTAL_INFO}
+> 上次同步: **2026-08-07T11:05:11Z** · 

 ## 配置 (v1.2 skill, 2026-07-16)

 | 项目 | 值 |
 | --- | --- |
-| **API 端口** | \`9898\` (内网) — ⚠️ 5000 是 Web UI 反代, 不是 API |
-| **API 端点** | \`http://10.10.10.254:9898/api2/\` |
-| **公网域名** | \`https://fb.biokingdom.top\` (用于公网 share-link) |
-| **Token** | \`eecfe...73c\` (40 字符, 权限齐全) |
-| **Auth Header** | \`Authorization: Token ***\` |
+| **API 端口** | `9898` (内网) — ⚠️ 5000 是 Web UI 反代, 不是 API |
+| **API 端点** | `http://10.10.10.254:9898/api2/` |
+| **公网域名** | `https://fb.biokingdom.top` (用于公网 share-link) |
+| **Token** | 40 字符 (权限齐全) |
+| **Auth Header** | `Authorization: Token <token>` |

-## 4 个资料库 (实测)
+## 4-6 个资料库 (实测)

 | ID | 名称 | 大小 | 文件数 | 最后更新 | Owner |
 | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
-|    ? | ?                    |    13.9 GB |      ? |            | Eastway Lee    |
-|    ? | ?                    |   647.8 MB |      ? |            | Eastway Lee    |
-|    ? | ?                    |    27.3 GB |      ? |            | Eastway Lee    |
-|    ? | ?                    |     4.1 GB |      ? |            | Eastway Lee    |
-|    ? | ?                    |          ? |      ? |            |                |
-|    ? | ?                    |          ? |      ? |            |                |
+

 ## 跟 LDR / Wiki.js / OpenWiki 集成

@@ -39,6 +28,6 @@ openwiki_generated: true

 ## 维护方式

- 自动触发: \`~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh\` (每天 02:30)
- 手动触发: \`bash ~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh\`
- 数据格式: 跟 \`seafile-util\` skill 共用 (Token / 9898 port / 401 fallback)
+- 自动触发: `~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh` (每天 02:30)
+- 手动触发: `bash ~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh`
+- 数据格式: 跟 `seafile-util` skill 共用 (Token / 9898 port / 401 fallback)
@@ -1,15 +1,9 @@
---
-type: "Reference"
-title: "Wiki.js 索引 — 跨 agent 文档发布层"
-openwiki_generated: true
---
-
 # Wiki.js 索引 — 跨 agent 文档发布层

 > 数据源: Wiki.js (http://10.10.10.254:3000/graphql) Biokingdom 实例
 > 用途: MiniMax code / Hermes 跨 agent 检索 "Robin 在 Wiki.js 发布了什么"
 > 更新: 自动同步计数 + 手动维护目录
-> 上次同步: **2026-08-03T18:30:02Z** · 当前 zh/literature 路径 (HTML probe): 0 页 · GraphQL sample (5 orderBy union): **82 unique pages** · ID range 22..1648 · 分布 en=5, zh=77
+> 上次同步: **2026-08-07T11:05:11Z** · GraphQL sample (5 orderBy union): **82 unique pages** · ID range 22..1648 · 分布 en=5, zh=77

 ## Wiki.js 概况

@@ -26,33 +20,9 @@ openwiki_generated: true
 | 主题 | 类器官 / 3D 生物打印 / HD-MEA / CRISPR 类器官精准医疗 |
 | 维护者 | Robin + LDR (literature-reading-queue skill 自动发布) |

-> ⚠️ **GraphQL `pages.list(limit:N)` 实际 server-side cap 到 ~50**,无论 N 多大。**Robin 的真实 Wiki.js 库 ≥ 1000+ 页** (按 max page id 1633 推断),我 7/27 早的 "47" sample 是 server-side cap 的产物,**不是真实数**。多种 orderBy (TITLE / UPDATED / CREATED / ID / PATH) 5 个排序 union 才能看到 ID 1633,但仍未遍历完 1500+ 全部 page。完整全量只能通过爬 frontend / 直查 DB / 翻 Wiki.js 内部 API — 本 cron 不做。
+> ⚠️ **GraphQL `pages.list(limit:N)` 实际 server-side cap 到 ~50**,无论 N 多大。**Robin 的真实 Wiki.js 库 ≥ 1000+ 页** (按 max page id 推断),我 7/27 早的 "47" sample 是 server-side cap 的产物,**不是真实数**。多种 orderBy (TITLE / UPDATED / CREATED / ID / PATH) 5 个排序 union 才能看到 max_id,但仍未遍历完 1500+ 全部 page。完整全量只能通过爬 frontend / 直查 DB / 翻 Wiki.js 内部 API — 本 cron 不做。

 ## 主要页面分类 (按 URL path)

 ### 类器官 (organoid/list/*)
-
- 按器官系统分: nervoussystem / digestivesystem / breathsystem / urinarysystem / cardiovascular / reproductive / musculoskeletal / BloodImmune / tumor / others
- 类器官综述: `organoid/review/organoid-review-2025` 🔥 类器官技术综述 3D 培养技术全解析
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-### 产品手册 (products/*)
-
- 3Brain: BioCAM DupleX / HyperCAM Alpha / CorePlate / HD-MEA 等
- CelVivo: ClinoStar 2 应用白皮书 v2.5 / ClinoStar 2 完整技术白皮书 V4.1
- Cellink: BIO X 喷头校准操作指南 / CELLINK 生物墨水大全
- Femtobiomed: CellShot 分区流式电转染系统
-
-### … (其余分类保持稳定, 由 wikijs-obsidian-sync skill 同步时刷新)
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-## 跟 OpenWiki 同步策略
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- **新文章**: LDR 精读完后, 写 Obsidian + NocoDB + Wiki.js + **可选 OpenWiki sources/literature.md**
- **OpenWiki 不直接 mirror Wiki.js**: Wiki.js 1300+ 页面太大, 只索引 + 触发查询
- **跨 agent 触发**: 用户问 "Robin 有 X 主题资料吗" → 自动读本文件 → 找出对应 Wiki.js page id → 用 GraphQL single query 拿内容
- **计数刷新**: `~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh` 每天 02:30 跑一次
-
-## 维护方式
-
- 自动触发: `~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh`
- 手动触发: `bash ~/.local/bin/openwiki-update-sources.sh`
- 数据格式: 跟 `productivity/wikijs-operations` skill 共用 (GraphQL token + 路径映射)
+...