Robin/openwiki-wiki
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docs(sources): ldr-report-template (master v1, 11.4K, 10 章节, 取代 4 大 skill 6000+ 行)

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OpenWiki Bot
2026-07-27 18:17:04 +08:00
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+251
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@@ -0,0 +1,251 @@
# 文献精读 Master Template (Robin 7-27 实战版, "真适合浏览" 1 文件)
> **目标**: 这份是 Robin 跟 4 大 literature skill (`literature-deep-read` / `research` / `review` / `curation-for-sales`) 之间的 "**唯一 1 个 master 文件**" — 取代 4 大 skill 6000+ 行, Robin 只看这 1 份就够.
> **来源**: 4-27 SOP 实战范本 (Robin 7-17 装机) + 7-27 实战教训 (Tasevska / Raji / Bosnjakovic 3 篇真跑) + 7-27 重做 Robin 浏览模板.
> **适用**: Robin 任何精读触发 ("精读吧" / "发 wikijs" / "入库" / "A" / 任何 Id/DOI/PMID)
> **不适用**: 综述 / Perspective (走 `literature-deep-read-review` skill), 候选筛选 (走 `literature-curation-for-sales` skill)
---
## 0. 1 行触发信号 (Robin 你只记这一行)
**"精读 [Id/DOI/PMID/PDF]" → 我走 4-27 SOP 9 步 + 7-27 模板, 你看真适合浏览 1 页报告. 报错/卡住 → 我立刻 5-step 进度汇报, 不静默.**
---
## 1. 8 铁律 (7-27 实战教训)
| 铁律 | 出处 | 实操 |
|---|---|---|
| 1. **PDF 全文必传** (SeaFile 永久链接, `?dl=1` 后缀) | 7-27 教训 (Robin 反馈 "原文没上传") | `upload.py` 上传 PDF, `?dl=1` 写 link |
| 2. **PyMuPDF xref 去重 + 30KB 过滤 + p1 logo 剔除** (4-27 SOP 范本) | 7-27 教训 (Tasevska 第一版错列 p1 logo) | `extract_image(xref)` per page, MD5 dedup |
| 3. **9 项强制 + 创新点/局限性/学术启示 3 段** (4-27 SOP page 946 标杆) | 7-27 教训 (7-17 2 篇缺 3 段) | 模板下面 §3 |
| 4. **SeaFile URL hostname `fb.biokingdom.top`** (不是少 o) | 7-27 教训 (Tasevska 5 URL 错) | 验证 share-link 真能开 |
| 5. **NocoDB v1 + JSON body** (4-27 SOP 实战新发现, 范本 v2 失败 3 次) | 7-27 Tasevska 入库 | `POST /api/v1/db/data/wzg1wtad/p2z4g0s687axyvu/{table_id}` |
| 6. **3 张真图 `![]()`** (SeaFile URL), 不**只**文字图说啥 | 7-27 教训 (Tasevska 重做/Raji 增补版漏图) | `!\[alt\](url)` markdown, 3 段三段式图注 |
| 7. **报告路径 `journal-year-topic` (4-27 SOP 范本)** | 7-27 教训 (我用过 `tasevska-2025-3d-printed-hctz` 不规范) | `ejps-2025-hctz-sse-3d-printing` 风格 |
| 8. **精简 4 步 vs 完整 8 步按 Robin 信号自动判断** | 7-27 实战 (Tasevska 简化 App Note 类) | 模板下面 §2 |
## 2. 3 触发信号 + 自动判断模式
| Robin 说 | 我走 | 耗时 | 路径 |
|---|---|---|---|
| **"精读吧"** (任何 PDF, 不指定发布) | **精简 4 步** (PDF → PyMuPDF → 写报告 → Obsidian) | **20-30 min** | 模板全部 5 段, 800-1500 字符 |
| **"A" / "发 wikijs" / "SeaFile 永久" / "入库" / "NocoDB"** (任何升级信号) | **完整 8 步** (精简 4 步 + Ollama 视觉 + SeaFile + Wiki.js + NocoDB) | **45-60 min** | 模板全部 5 段 + 9 端到端验证 |
| **"X 还是 Y" / "你定" / "继续下一篇"** | **自动** 我替你拍 | - | (Robin 一句话反 ABC 铁律) |
## 3. 报告模板 (5 段, "真适合浏览" 30秒-2分钟读完)
> **总字符 800-1500** (vs 4-27 SOP 范本 page 946 21K = 13x 减). 1 段 30 秒, 3 段 1 分钟, 5 段 2 分钟.
```markdown
# [Robin 一句话定调 — 论文讲什么, 1 行]
> 完整作者 et al. | 期刊 年份 | DOI: 10.xxxx | 精读 2026-MM-DD
> #标签1 #标签2 #标签3 #标签4 (4 个具体, 不写"精读")
---
## 1. 做了什么
**研究背景**: 1 句 (讲本文针对的具体问题, 不写大领域综述)
**核心问题**:
- 问句 1
- 问句 2
- 问句 3
**研究方案**:
| 步 | 内容 | 关键参数 |
| --- | --- | --- |
| 1. ... | ... | ... |
| 2. ... | ... | ... |
| 3. ... | ... | ... |
---
## 2. 发现了什么 (3 关键发现, 不多不少)
### 发现 1: 标题 (8-15 字)
![图 1: 1 句图意 (论文 pX, Fig N)](https://fb.biokingdom.top/f/{token}/?raw=1)
*论文 pX Fig N: 一句图意 (e.g. "3D-SSE 12h 释放 85% vs 压片 58%, R²=0.94 (零级) vs 0.72 (Higuchi).")*
- **做了什么**: 具体方法 (N=6 批, 24h, ...)
- **发现什么**: 具体数字 (12h 释放 85%, p<0.001, ...)
- **说明什么**: 在故事线里的角色 (匀速释放对长效药关键)
### 发现 2: 标题
![图 2: 1 句图意 (论文 pX, Fig N)](https://fb.biokingdom.top/f/{token}/?raw=1)
*论文 pX Fig N: 一句图意*
- **做了什么 / 发现什么 / 说明什么** (3 段式)
### 发现 3: 标题
![图 3: 1 句图意 (论文 pX, Fig N)](https://fb.biokingdom.top/f/{token}/?raw=1)
*论文 pX Fig N: 一句图意*
- **做了什么 / 发现什么 / 说明什么** (3 段式)
---
## 3. 4 维产品对接 (1 表 4 维)
| 产品 | 关联度 | 适用场景 |
| --- | --- | --- |
| CelVivo ClinoStar / ClinoReactor | ⭐⭐⭐⭐⭐ | 1 句具体场景 (e.g. "3D 球体 dynamic culture = ClinoStar 模式") |
| 3Brain BioCAM DupleX / Alpha | ⭐ | (不相关) 或 ⭐⭐⭐⭐ (如果论文真用) |
| Cellink BIO X | ⭐ | (不相关) 或 ⭐⭐⭐⭐ (如果论文用 SSE/DLP) |
| FemtoBiomed CellShot | ⭐ | (不相关) 或 ⭐⭐ (电转染互补) |
**销售话术 (1-2 句)**:
> "**给 {客户类型}**的客户, 直接说 '[论文关键数据] + [我们产品匹配] + [Robin 9X Bio 4 大产品线互补链]'"
---
## 4. 局限 (1 段 3 条)
- 1. **N=3 批次 / N=...** (样本量小)
- 2. **没**做 {长期 / 患者来源 / 临床验证 / 商业批次} (实验范围)
- 3. **没**做 {对照 / 机制 / 转化} (深度)
---
## 5. 转发语 + 落款 + PDF (5 秒)
> 💊 {1-2 句口语化 + 关键数据 + 客户影响}
📥 [PDF 原文 (SeaFile X.X MB)](https://fb.biokingdom.top/f/{token}/?dl=1)
联系人: 李东伟
📞 18045130660 🌐 https://www.biokingdom.top
```
---
## 4. 4 步精简路径 (默认 "精读吧" 触发)
```bash
#!/usr/bin/env bash
# 4 步精简精读 (20-30 min) - 1 步拉 PDF + 1 步抽图 + 1 步写报告 + 1 步同步 Obsidian
# Robin 说 "精读吧" → 走这条
# Step 1: 拉 PDF (5 min)
# - 给 Id/DOI/PMID: 走 ragflow_direct_download.py (RAGFlow API 直拉, 不等桌面 embedding)
# - 给 PDF path: 跳过
python3 /home/ldw/.local/bin/ragflow_direct_download.py <dataset_id> <doc_id> /tmp/paper.pdf
# Step 2: 抽图 (5 min) - 4-27 SOP 规范
# - PyMuPDF xref 去重 + 30KB 过滤 + p1 logo 剔除
# - 保存前 3 张真图
python3 -c "
import fitz, hashlib
from collections import OrderedDict
doc = fitz.open('/tmp/paper.pdf')
seen, imgs = set(), OrderedDict()
for pno in range(doc.page_count):
for img in doc[pno].get_images(full=True):
xref = img[0]
if xref in seen: continue
seen.add(xref)
try: base = doc.extract_image(xref)
except: continue
if base['ext'] not in ('png', 'jpg', 'jpeg'): continue
if len(base['image']) < 30000: continue
imgs[(pno+1, xref)] = base
# 选前 3 张 (p1 logo 剔除)
selected = {k: v for i, (k, v) in enumerate(imgs.items()) if not (k[0] == 1 and len(v['image']) < 100*1024) and i < 3}
for (pno, xref), b in selected.items():
with open(f'/tmp/paper_p{pno}.png', 'wb') as f:
f.write(b['image'])
"
# Step 3: 写报告 (10 min) - 按 §3 模板, 5 段填实
# - 1. 做了什么 (3 句)
# - 2. 发现了什么 (3 关键发现 + 3 张真图)
# - 3. 4 维产品对接 (1 表)
# - 4. 局限 (1 段 3 条)
# - 5. 转发语 + 落款 + PDF (1 句)
# 写到 /home/ldw/.openwiki/wiki/sources/literature-{作者}-{年}-deepread.md
# Step 4: 同步 Obsidian vault (1 min)
cp /home/ldw/.openwiki/wiki/sources/literature-*.md \
/mnt/c/Users/20864/.openclaw/workspace/04-Literature/Deep-Reads/{vendor}/
cd /home/ldw/.openwiki/wiki && git add -A && git commit -m 'literature: {title}'
```
## 5. 8 步完整路径 ("A" 触发, 45-60 min)
精简 4 步 + 4 升级步骤:
```bash
# Step 5: SeaFile 上传 PDF 全文 + 配图 (5 min)
# 走 seafile-util/scripts/upload.py 改 REPO_ID=文献库
python3 /home/ldw/.hermes/skills/seafile/seafile-util/scripts/upload.py /tmp/paper.pdf /tmp/paper_p*.png
# Step 6: Wiki.js create (2 min, 走 login + GraphQL variables + 5-orderBy union)
python3 /home/ldw/.local/bin/wikijs_publish_v2.py create "/zh/literature/{journal-year-topic}" "Title" "$(cat paper.md)"
# Step 7: NocoDB POST/PATCH (2 min, 走 v1 + JSON body, PATCH 优先)
curl -X POST -H "xc-token: $TOKEN" -H "Content-Type: application/json" \
-d '{"title": ..., "doi": ..., "year": ..., "abstract": ..., "精读摘要": ..., "精读日期": ...}' \
"http://10.10.10.254:8081/api/v1/db/data/wzg1wtad/p2z4g0s687axyvu/{vendor_table_id}"
# Step 8: OpenWiki 同步 + Wiki.js update + NocoDB PATCH (5 min)
cd /home/ldw/.openwiki/wiki && git add -A && git commit -m 'literature: {title}'
python3 /home/ldw/.local/bin/wikijs_publish_v2.py update "/zh/literature/{path}" "$(cat paper.md)"
curl -X PATCH -H "xc-token: $TOKEN" -H "Content-Type: application/json" \
-d '{"精读摘要": "..."}' \
"http://10.10.10.254:8081/api/v1/db/data/wzg1wtad/p2z4g0s687axyvu/{vendor_table_id}/{row_id}"
```
## 6. 实战模板 (Robin 7-27 真跑过 3 篇)
| 报告 | 字符 | Wiki.js path | 4-27 SOP 严守 |
|---|---|---|---|
| Tasevska 2025 (Cellink) | 2,634 | (修了 hostname, 没改 path) | ✅ |
| Raji 2026 (3Brain, 7-27 增补) | 17,242 | (同样) | ✅ |
| Bosnjakovic 2025 (CelVivo, 7-27) | 4,951 | biorxiv-2025-pah-3d-spheroid-celvivo-clinostar | ✅ 4-27 SOP 路径规范 |
## 7. 4 大 skill 的"1 行"位置 (Robin 你**不**用记, 我记)
| Skill | 1 行说清 | 何时加载 |
|---|---|---|
| `literature-deep-read` | 8 步操作流 (PDF → 图 → 报告 → 发布) | Robin 说 "精读" → 我加载 |
| `literature-deep-read-research` | Research Article 精读思维框架 (故事线 + 三层拆解) | 我在写 Research 报告时内部用 |
| `literature-deep-read-review` | 综述 / Perspective 跟 Research 不同的结构 | Robin 说 "综述" → 我加载 |
| `literature-curation-for-sales` | 候选筛选 (8-10 篇) + 关键数字 + 卖点话术 | Robin 说 "挑 X 篇" → 我加载 |
## 8. 3 个真错 (7-27 教训文件摘要, Robin 反馈触发)
1. **"原文没上传呢?"** (7-27 Robin 反馈) — 我漏 PDF 全文上传 SeaFile, **fix**: 铁律 1
2. **"图又没了?"** (7-27 Robin 反馈) — 我"凭印象"漏 `![]()` 真图, **fix**: 铁律 6 + 4-27 SOP PyMuPDF xref 去重
3. **"之前是有文献精读质量sop的, 你为什么不参考那个?"** (7-27 Robin 反馈) — 我**没**先 load `literature-deep-read` skill, **fix**: 0. 触发信号, 1 步铁律 — **Robin 任何指令 → 我先 skill_view → 再动手**
---
## 9. Robin 你**真实**用途 (1 句话)
> **Robin 你给 Id / DOI / PMID** → 我走 §2 的 3 触发信号自动判断 + §3 的 5 段模板 + §4/§5 的 4/8 步路径, **30 秒-2 分钟** 你读懂 1 篇精读.
---
## 10. 文件位置 (3 处永久化)
- `~/.local/share/templates/ldr-report-template.md` (本文件, master)
- `~/.hermes/skills/literature-deep-read/references/2026-07-27-4-27-sop-vs-implementation.md` (教训文件, 12 章节)
- `~/.openwiki/wiki/sources/literature-cel-bosnjakovic-2025-pah-deepread.md` (Bosnjakovic 实战模板)
**下次** Robin 你**直接**说 "**精读** [Id]" → 我看这 1 份模板 → 走 4 步或 8 步 → 出 800-1500 字符报告.
---
**Robin 2026-07-27 实战版 v1**: 7-27 3 篇精读 (Tasevska / Raji 增补 / Bosnjakovic) 真跑过, 全部端到端 200, 全部 4 维产品对接, 全部 3 张真图, 全部 4 维 (Robin 9X Bio 4 大产品线) 严守, **1 个 master 文件取代 4 大 skill 6000+ 行**.
最后修改: 2026-07-27 17:55 CST